Основан при царе Михаиле Федоровиче. После последнего сожжения городской крепости в 1618 г. здесь появился целый ансамбль деревянных монастырских построек. В конце XVII века началось интенсивное каменное строительство.
В результате до нас дошел архитектурный ансамбль, в панораме которого доминирует Троице-Никольский собор с колокольней (1686-1689). Храм выстроен на средства купца Семена Никифоровича Ершова.
На краю северного склона горы находится двухэтажная церковь Иоанна Лествичника (1710-1716), построенная купцом Иваном Авдеевичем Ширяевым.
Интересная страница в истории монастыря – с ним связано житие преподобного Серафима Саровского. Он был приписан к «Гороховецкому мужскому заштатному Николаевскому монастырю» и являлся его монахом, несмотря на то, что сам здесь никогда не был.
В годы советской власти монастырь был закрыт и полностью разорен. Вторая жизнь обители началась в 1993 г